La Corte Constitucional ha sido quizás la única institución que se ha acercado a la tragedia de la Comunidad de Paz de San José de Apartadó y ha tratado de protegerla frente a las demás instituciones del Estado. Ya van tres sentencias protectoras desde 2003, pero siempre enfrentan el problema del DESACATO por las demás autoridades.
En la Sentencia T-1025 de 2007 sanjó la discusión con el Ministerio de Defensa, el cual alegaba que dar los nombres de militares y policías que estaban presentes en las zonas donde se perpetraron los crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra, equivalía a violar reservas o a afectar el buen nombre o el debido proceso de los agentes.
La Corte sostuvo que, por el contrario, ello pertenecía a la esencia de la democracia, al derecho fundamental a la información y a los derechos fundamentales de las víctimas. Sin embargo, los militares desacataron esa orden hasta ahora.
En 2012, en seguimiento de esa sentencia desacatada, la Corte ordenó en el Auto 164, no sólo dar los nombres sino revisar la presencia inconstitucional de la fuerza pública en ciertas áreas; constituir una comisión de evaluación de la justicia en la zona; respetar las zonas humanitarias y le ordenó al Presidente retractarse de las calumnias emitidas contra la Comunidad de Paz desde la Presidencia y elaborar estrategias contra la estigmatización y de protección de la Comunidad contra las violaciones sistemáticas de sus derechos.
Para la Comunidad, nada ha sido acatado hasta ahora por las demás instituciones. La Corte emitió otro Auto de seguimiento (Auto 693 de 2017) y si bien reitera allí la obligación que tienen los miembros de la fuerza pública de dar sus nombres, otras decisiones de la Corte debilitan sensiblemente la protección que la Comunidad había sentido en ella en los años pasados: le delega el seguimiento de la Sentencia y los Autos a la Defensoría, la cual no es respetada por las demás instituciones del Estado; renuncia a exigirle al Presidente perfeccionar la retractación de las calumnias; renuncia a impulsar la evaluación de la justicia y a buscar mecanismos efectivos para detener la comisión sistemática de crímenes de lesa humanidad, todo lo cual lo delega en mecanismos originados en el Acuerdo de Paz cuya implementación soporta profundas discusiones y discrepancias como la JEP o la Unidad para el Desmantelamiento de las Organizaciones Criminales. La Comunidad se siente, pues, hoy, más huérfana que nunca.